インボイスの2割特例は令和8年9月で終了｜熊本の小規模事業者の次の選択

消費税の「2割特例」がいつまで使えるのか、熊本で事業をされている方はそろそろ確かめておきたい時期です。結論から申し上げると、2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間で終了します。個人事業者の方であれば、令和8年分（今年分）の確定申告が最後です。

そして令和9年分からは、個人事業者だけが使える「3割特例」が新しく設けられました。法人はこの3割特例を使えません。この記事では、熊本市内の飲食店や、県内の建設業・農業のように、インボイス制度をきっかけに課税事業者になった小規模事業者の方に向けて、今年から来年にかけて何を決めておく必要があるのかを、国税庁の資料に沿って整理します。

インボイスの2割特例は、令和8年9月30日を含む課税期間で終わります

2割特例（正式には「小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置」）は、インボイス制度をきっかけに免税事業者から課税事業者になった方が、納める消費税を売上げに係る消費税額の2割にできる制度です。事前の届出は不要で、申告書の所定欄に印を付けるだけで適用できるため、熊本でも多くの小規模事業者の方が使ってこられました。

適用できる期間は、国税庁のインボイスQ&A問115に「適格請求書発行事業者の令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間」と示されています。さらに、令和8年4月（同年5月改訂）に国税庁が公表した改正の案内でも「現行の2割特例は、令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了します」と明記されました。延長ではなく、期限どおりに終わるということです。

令和9年分からの「3割特例」は、個人事業者だけの制度です

令和8年度税制改正で、2割特例に代わる「小規模個人事業者に係る税額控除に関する経過措置」＝3割特例が創設されました。個人事業者である適格請求書発行事業者の令和9年分および令和10年分の消費税の確定申告について、課税標準額に対する消費税額の7割を控除することで、納める税額を売上げに係る消費税額の3割にできる、という内容です。

3割特例の主な要件

▶ 個人事業者であること（法人は適用できません）
▶ 基準期間の課税売上高が1,000万円以下であること（適用を受ける年の2年前。令和9年分なら令和7年、令和10年分なら令和8年）
▶ 特定期間の課税売上高も1,000万円以下であること（前年1月〜6月。給与等支払額の合計額で判定することもできます）
▶ インボイス発行事業者の登録を受けていること
▶ 2割特例と同様、免税事業者が適格請求書発行事業者となったことなどにより課税事業者となる課税期間に限られます

事前の届出は要らず、確定申告書に3割特例の適用を受ける旨を付記すれば適用できます。ただし令和11年分からは適用できません。時系列にすると、次のようになります。

法人の場合は、令和8年9月30日を含む事業年度を最後に特例が無くなり、そのあとは一般課税か簡易課税かを自分で選ぶことになります。熊本で法人成りを検討している方は、この点も判断材料になりますので、熊本で会社設立・法人成りの判断もあわせてご覧ください。

簡易課税へ移るときの届出期限が、実務的に緩みました

簡易課税制度は、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税期間について、売上げに係る消費税額に業種ごとの「みなし仕入率」を掛けた金額を、仕入れに係る消費税額とみなして控除できる制度です（国税庁タックスアンサーNo.6505）。原則として、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出しなければなりません。つまり、その年が始まる前に決めておく必要がある、というのが原則です。なお2割特例を使った方については、改正前から「2割特例の適用を受けた課税期間の翌課税期間中」（個人事業者なら12月31日まで）に提出すればよいという扱いがありました（No.6505）。

この期限が令和8年度税制改正でさらに見直され、2割特例または3割特例の適用を受けた事業者が、その翌課税期間から簡易課税を適用したい場合は、その翌課税期間の確定申告期限までに届出書を提出すればよいことになりました。このとき、届出書にはその課税期間から簡易課税制度の適用を受ける旨（例：令和8年分から適用する旨）を記載する必要があります（インボイスQ&A問117）。適用を開始する課税期間の記載を誤ると、この特例が働かず適用が1年ずれてしまいますので、ここは書き間違えないようご注意ください。国税庁は次の例を示しています。

同じ考え方で、令和8年分に2割特例を使った個人事業者の方が令和9年分から簡易課税を選ぶ場合も、令和9年分の確定申告期限（令和10年3月31日）までに届出書を出せばよいことになります。つまり令和8年分に2割特例を適用した個人事業者の方であれば、令和9年分について「3割特例」「簡易課税」「一般課税」のどれで申告するかを、その年の数字を見てから決められる場合があります。ただし2割特例と3割特例は判定する年が違います。令和8年分の2割特例は令和6年の課税売上高で判定しますが、令和9年分の3割特例は令和7年の課税売上高で判定しますので、令和7年に1,000万円を超えた方は、令和8年分に2割特例が使えても令和9年分の3割特例は使えません。また、令和9年分から簡易課税を選ぶと原則として令和10年分も簡易課税が続きます。

そして、この特例は今年分（令和8年分）にも使えます。令和7年分に2割特例で申告した個人事業者の方が令和8年分から簡易課税に移る場合、その翌課税期間である令和8年分は令和8年12月31日に終了しますので、令和8年分の確定申告期限（令和9年3月31日）までに届出書を提出すれば、令和8年分から簡易課税で申告できます。2割特例も届出が要らない制度ですから、この方であれば令和8年分は「2割特例」「簡易課税」「一般課税」の3つを、決算の数字が出てから見比べて決められるということになります。ここは今回の改正でいちばん実務に効くところだと考えています。

令和8年熊本地震で被災された方には、別に届出の特例があります

令和8年熊本地震による災害は特定非常災害に指定されており、被災された事業者の方には消費税の届出等に関する特例（届出災害特例）が設けられています。被災日を含む課税期間以後の課税期間について簡易課税制度を選択する（またはやめる）場合、指定日までに届出書を提出すれば適用を受けられるというもので、この特例で簡易課税を選んだ場合は2年継続して適用したあとでなくても、その選択をやめることができます。これはもともと簡易課税を選んでいた方が被災された場合も同じです。届出書の「参考事項」欄に被災事業者である旨を記載して提出します。

被災された方に関係する税の制度は消費税だけではありません。あわせて熊本地震と税金の使われ方や、災害時の税務のご案内もご覧ください。

熊本の事業者は、自分の「みなし仕入率」を先に確かめる

簡易課税を選ぶかどうかを考えるとき、最初に確かめておきたいのが事業区分とみなし仕入率です。同じ「小規模事業者」でも、業種によって結果がまったく変わります。

ここで気をつけたいのが、同じ業種名でも取引の形で区分が変わることです。たとえば建設業でも、材料を元請けから支給され手間だけを請け負う形（加工賃その他これに類する料金を対価とする役務の提供）は第3種から除かれ、第4種の60%になります（No.6509）。事業区分は日本標準産業分類の大分類を基礎に、原則として課税資産の譲渡等ごとに判定しますので、屋号や許可の業種ではなく実際の取引の中身で確かめてください。

国税庁のQ&Aでも、3割特例（売上げに係る消費税額の7割を控除）と比べたときに、卸売業（90%）や小売業・飲食料品の譲渡を行う農林水産業等（80%）のように高いみなし仕入率が適用される業種は、簡易課税を適用したほうが納める税額は少なくなると考えられる、という整理がされています。一方で、店舗改装や車両の入替えなど多額の設備投資があった年は、一般課税で申告すれば還付になることがあり、特例や簡易課税を適用すると通常その還付は生じません。どちらが有利かは、その年の売上と支出の中身によって変わりますので、決算の数字を見ながら判断されることをおすすめします。

2種類以上の事業を営んでいる場合は、帳簿の区分がそのまま税額に響きます

事業区分は、原則として課税資産の譲渡等ごとに判定します。2種類以上の事業を営んでいるのに売上を事業ごとに区分していないと、その区分していない部分にはその区分していない事業のうち一番低いみなし仕入率が適用されます。熊本でも、飲食店が物販を併せて行っている、農家が直売と加工品の販売を両方している、といったケースは珍しくありません。日々の記帳のつけ方がそのまま納税額に効いてくる部分ですので、記帳義務の適正な履行についてもあわせてご確認いただき、ご自身で手が回らない場合は記帳代行のご利用もご検討ください。

取引先から見た経過措置も、令和8年10月から80%が70%になります

免税事業者のままでいる方にも関係する改正があります。適格請求書発行事業者以外の者から行った課税仕入れについて、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が、適用期限を2年延長したうえで控除割合が見直されました（7・5・3割控除）。国税庁が示している時系列は次のとおりです。

あわせて、一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その年またはその事業年度で1億円（改正前は10億円）を超える場合、その超えた部分についてはこの経過措置を適用できないこととされました（令和8年10月1日以後に開始する課税期間から）。

免税事業者のままでいる熊本の小規模事業者の方にとっては、令和8年10月以降、取引先が負担する分が少し増えるということになります。取引条件の見直しの話が出たときに慌てないよう、制度としてどう変わるのかを先に把握しておかれるとよいと思います。なお、基準期間の課税売上高が1億円以下などの事業者について、税込1万円未満の課税仕入れはインボイスの保存が不要となる「少額特例」は、令和11年9月30日までとされています。

熊本でインボイスと消費税の判断を税理士に相談したい方へ

今回の改正は、熊本の小規模事業者の方にとって「令和8年分の申告をどう締めるか」と「令和9年分をどの方法で申告するか」がひと続きになった改正です。2割特例が終わったあと、3割特例を使うのか、簡易課税に移るのか、一般課税で申告するのか。取引先との関係によっては、インボイス発行事業者の登録そのものを見直すという判断もあり得ます。この選択は、売上の中身、事業区分、その年の設備投資の予定によって答えが変わりますので、数字を見ずに一律に決められるものではありません。

仁王さん通り税務会計は、熊本市中央区坪井の税理士事務所です。代表の平野和博は国税に30年在職し、国税局の資料調査課、税務署の特別調査班を経て、累計500件を超える調査に携わってきました。届出書の期限管理から、事業区分の当てはめ、日々の記帳の整え方まで、熊本の事業者の実情に合わせてご一緒に整理いたします。初回40分のご相談は無料です。ご相談はお問い合わせフォームのほか、お電話（096-288-3894／平日8:30〜17:30受付）でも承っております。顧問業務の内容は税務顧問のページ、費用は料金プランのページにまとめておりますので、あわせてご覧ください。税理士の選び方でお迷いの方は、熊本で顧問税理士を選ぶ7つのポイントも参考になるかと思います。

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